Karakters: John Sheppard

Voor het eerst te zien in: SGA 1x01 Rising - Part I Gespeeld door: Joe Flanigan

Majoor John Sheppard dient in het leger van de Verenigde Staten. Hij is een zeer ervaren piloot met een gemerkt verleden. Nu leidt hij het belangrijkste Verkenningsteam van de Aardse basis Atlantis. Hij reisde mee naar het Pegasus stelsel met de Atlantis Expeditie waarvan Dr. Weir aan het hoofd staat. Na de dood van Kolonel Marshall Sumner door de Wraith wordt Sheppard gepromoveerd tot hoogste militaire officier van Atlantis.

Sheppard was gestationeerd op de McMurdo luchtmachtbasis, waarschijnlijk vanwege een zwarte plek in zijn functioneringsrapport. Hij houdt wel van de stilte rondom Antartica. Als hij Generaal Jack O'Neill naar de resten van een oude Ancient Basis op Antartica moet vliegen komt hij tot de ontdekking dat hij een zeldzaam gen heeft waarmee de Ancient technologie geactiveerd kan worden. Voor de meeste mensen met dit gen kost dit nog de nodige inspanning maar voor Sheppard is het piece of cake. Weir weet O'Neill over te halen om Sheppard tot de Atlantis expeditie toe te voegen. Aanvankelijk is hij sceptisch vanwege het feit dat Sheppard een direct bevel heeft genegeerd in reddingsactie van 2 collega's in Afghanistan.

Eenmaal in Atlantis wordt Sheppard toegevoegd aan het team van Kolonel Sumner om op de planeet Athos op zoek te gaan naar een werkende ZPM (Zero Point Module). Daar ontmoet hij de leidster van een volk genaamd: De Athosian's. Haar naam is Teyla Emmagan. Al snel raken zij goed bevriend. Door haar leert Sheppard over de dreiging van een duistere vijand, De Wraith. Vlak na zijn ontdekking is hij getuige van een Wraith Culling waarbij zowel Teyla als Sumner gevangen worden genomen. Sheppard keert terug naar Atlantis met de overgebleven Athosian's en weet Weir over te halen een reddingsactie op te zetten. Hij weet de gevangen succesvol te bevrijden maar is gedwongen Kolonel Sumner neer te schieten voordat de Wraith de locatie van de Aarde uit hem weet te onttrekken. Ook de Hoeder van de Wraith is hij gedwongen te doden. Dit heeft echter tot gevolg dat de gehele Wraith bevolking wakker wordt uit een duizenden jaren durende slaap.

Sheppard houdt van het Reuzenrad, College Football en alles wat harder kan dan 200 mijlen per uur. Hij is vriendelijk en vrijgevig, maar zeker niet bang om zijn meningen uit te spreken. Zeker niet als het eindresultaat het beste is voor een teamlid in nood.

Als de Daedalus onder leiding van Kolonel Caldwell arriveert om te helpen in het gevecht tegen de Wraith moet Sheppard zijn leidinggevende functie ineens delen met Caldwell. Maar als Caldwell op een missie is met de Daedalus dan heeft Sheppard de leiding over het militaire regime van Atlantis.

Als Luitenant Ford ten gevolge van een Wraith Enzym in zijn lichaam extra krachten krijg komt hij in conflict met Shappard. Ford waant zich onoverwinnelijk en kan de risico's van een situatie niet meer goed inschatten. Uiteindelijk besluit Ford eenzijdig dat hij niet meer welkom is op Atlantis. Sheppard probeert nog op hem in te spreken wat eindigt in een achtervolging van man tot man. De beslissing van Ford staat vast en Sheppard moet machteloos toezien hoe Ford door de Atlantis Gate vertrekt met een onbekende bestemming. Sheppard zweert net zo lang naar hem door te zoeken totdat hij Ford weer heeft teruggebracht bij zijn familie.